Федеральное агентство лесного хозяйства является:
- соисполнителем государственной программы Российской Федерации «Развитие лесного хозяйства» на 2013 - 2020 годы», утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации от 15.04.2014 № 318.
- участником государственных программ Российской Федерации «Защита населения и территорий от чрезвычайных ситуаций, обеспечение пожарной безопасности и безопасности людей на водных объектах», утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации от 31.03.2017 № 400.
- государственным заказчиком федеральных целевых программ «Развитие Калининградской области на период до 2020 года», утвержденной постановлением Правительства Российской Федерации от 07.12.2001 № 866.